近幾十年來,政府積極開發穩定的水資源供給各標的用水,成就了人口及產業之增長,而隨著生活水平提升及經濟迅速發展,需水量日益增長,再加上臺灣特殊之水文地質狀況,豐枯期降雨量極端不均,河川陡坡流急、保水不易,故如何有效運用水資源便益形重要。為加強各區水資源之開發管理與運用,政府整合水資源開發與經營管理部門,於民國87年臺灣省各水利處(後改隸屬經濟部水利署)轄下成立北、中、南區水資源局,肩負起臺灣地區水資源之開發運用與經營管理之重責大任。
本局設有曾文及燕巢二處辦公室,管轄範圍於北港溪以南之南部區域。綜理嘉義、臺南、高雄、屏東、臺東及澎湖等地之水資源規劃、建設、宣導及管理相關事務,並權管曾文水庫、阿公店水庫、牡丹水庫、甲仙攔河堰及高屏溪攔河堰等5個水源設施。