近幾十年來,政府積極開發穩定的水資源供給各標的用水,成就了人口及產業之增長,而隨著生活水平提升及經濟迅速發展,需水量日益增長,再加上臺灣特殊之水文地質狀況,豐枯期降雨量極端不均,河川陡坡流急、保水不易,故如何有效運用水資源便益形重要。為加強各區水資源之開發管理與運用,政府整合水資源開發與經營管理部門,於民國87年1月23日臺灣省政府水利處轄下成立北、中、南區水資源局,民國88年7月1日應台灣省政府組織暨功能業務調整方案,「臺灣省南區水資源局」改制為「經濟部水利處南區水資源局」。民國91年3月28日配合經濟部水利處與經濟部水資源局整併為經濟部水利署,改制為「經濟部水利署南區水資源局」。民國112年9月26日應經濟部組織改造,改制為「經濟部水利署南區水資源分署」,肩負起臺灣地區水資源之開發運用與經營管理之重責大任。
本分署設有曾文及燕巢二處辦公室,管轄範圍於北港溪以南之南部區域。綜理嘉義、臺南、高雄、屏東、臺東及澎湖等地之水資源規劃、建設、宣導及管理相關事務,並權管曾文水庫、阿公店水庫、牡丹水庫、甲仙攔河堰及高屏溪攔河堰等5個水源設施。