為管理養護阿公店水庫，以加強防洪、灌溉、給水等業務，並求達到自給自足目的，依據臺灣省政府51年2月3日51府人丙字第5718號令頒「臺灣省阿公店水庫管理委員會設置辦法」，設立臺灣省阿公店水庫管理委員會。

為辦理水資源開發工程，依據臺灣省政府79年6月21日79府人一字第44511號令頒「臺灣省水利局水資源開發工程處組織規程」，於79年9月21日成立臺灣省水利局南部水資源開發工程處，臺灣省水利局南化水庫臨時工程處同時撤銷。

為加強水資源之開發管理與運用，依據臺灣省政府86年12月18日86府人一字第174585號令頒「臺灣省各區水資源局組織規程」，於87年1月23日成立臺灣省南區水資源局，隸屬臺灣省政府水利處。
本局係由「阿公店水庫管理委員會」、「臺灣省曾文水庫管理局」與「臺灣省水利局南部水資源開發工程處」等機構整合而成。

茲因臺灣省政府功能業務與組織調整，本局自88年7月1日起改隸經濟部水利處，全銜為「經濟部水利處南區水資源局」，並於當日正式揭牌成立。「經濟部水利處各區水資源局暫行組織規程」業奉行政院轉考試院以88年9月15日88考台銓法三字第1807164號函備查。

「經濟部水利署各區水資源局組織通則」奉總統91年1月25日華總一義字第09100015620號令公布，嗣奉行政院91年3月19日院臺經字第0910009797號令核定改制為「經濟部水利署南區水資源局」，並於91年3月28日正式揭牌成立。