主要內容
經濟部水利署南區水資源局創設沿革(民國91年3月28日)
依修正公佈之「經濟部組織法」第11條，制定公佈「經濟部水利署各區水資源局組織通則」，於中華民國91年3月28日正式揭牌成立。
經濟部水利處南區水資源局(民國88年7月1日)
茲因台灣省政府功能業務與組織之調整，本局於88年7月1日起隸經濟部水利處，全銜為經濟部水利處南區水資源局，業已於當日正式揭牌成立。
台灣省南區水資源局(民國87年1月23日)
台灣省政府為加強水資源之開發管理與運用，於民國87年1月23日在省府水利處轄下成立北、中、南區水資源局，本局 (南區水資源局) 係由前台灣省曾文水庫管理局與前台灣省水利局轄下之南部水資源開發工程處、阿公店水庫管理委員會等機構整合而成。
曾文水庫管理局、水利局南部水資源開發工程處、阿公店水庫管理委員會
曾文水庫管理局
於民國五十五年七月在台南縣楠西鄉密枝村成立「曾文水庫工程局」，並在「曾文水庫建設委員會」的指揮監督下，歷經六年之施工，於民國六十二年十月卅一日始告完成全部工程與蓄水運作，並於民國六十三年一月一日正式成立「曾文水庫管理局」，隸屬台灣省建設廳，職司水庫營運管理、水土保持、債務清償、社區建設、觀光開發及研究發展等業務。
水利局南部水資源開發工程處
於79年9月20日成立，有111人。民國79年台灣省水利局為辦理全省水資源開發工程之需要，依據台灣省水利局組織規程規定，分設中部及南部水資源開發工程處，同年9月21日「台灣省水利局南部水資源開發工程處」奉准成立，南化水庫臨時工程處亦同時撤銷，南部水資源開發工處置處長、副處長各1人，下設4課為設計課、工務課、品管課、材料課及人事、人事二（即政風）、會計3室為輔導單位共置111人。
阿公店水庫管理委員會
依省政府51府人丙字第5718號會頒「臺灣省阿公店水庫管理委員會設置辦法」之規定組織成立、並於五十一年十月起正式在水庫開始辦公，遵照設置辦法規定以庫養庫，自給自足之原則下，績極推動各項業務，人員計有調兼八人中有四人常駐辦公、約僱四人。