東港溪中下游取用水質不佳，一直無法提供作為公共用水，要如何恢復東港溪水質成為自然生態永續以及可供應潔淨之公共用水，一直是屏東地區公民團體所期待與奮鬥之目標。但面對生活及畜牧廢水至今仍直接或局部處理排到東港溪中、下游各支流，使得水質改善至為不易，加以該流域地下水資源豐沛，長久以來即以地下水為主要水源，惟不能因其豐沛之地下水資源，而忽視恢復東港溪地面水質的改善工作；將此改善工作全課責政府作為，顯然也事倍功半。改善東港溪水質環境不能僅靠公部門的投入，持續推動公民參與深耕保護行動，以公私協力持續守護河川行動會比單純靠宣導教育來得實際有效。

南水局從103年度透過計畫建立民眾可參與監測東港溪流域湧泉溪流的簡易水質監測方法，以及舉發通報地方環保機構之流程及方式，建立示範認養點，並積極拜訪發掘具潛力之社區團體，研擬帶動認養之策略與方法，且建立民間及權責機關交流分享平台活動，瞭解掌握東港溪各項減廢政策的發展與進度。104年度除輔導民間產生三個認養團隊，並積極協助建立有效之污染通報網及具公權力與公信力之稽查機制；此外也透過第七河川局流域亮點發展計畫，促成包括潮州、萬巒及竹田等鄉鎮首長，在區域觀光聯合發展的軸線上，共同對話如何改善東港溪水質的行動對策。105年度與地方政府環保及農政單位合作推動執行「畜牧糞尿沼液沼渣做為農地肥分使用」計畫，建立公私協力合作平台，媒合養豬畜牧場之減廢計畫，估算可以減少之氨氮量，並探討建構單一支流具體減廢組合行動計畫之可行性。106年度針對東港溪單一支流民治溪排水，透過協力行動與合作平台之建置，以單一支流氨氮減量目標訂定執行對策以及合作計畫，有效逐步建立具體減廢改善水質，做為本計畫持續擴大到其他支流之重要主軸與持續努力的方向。