台灣省政府為加強水資源之開發管理與運用，於民國八十七年元月二十三日在省府水利處轄下成立北、中、南區水資源局，本局 (南區水資源局) 係由前台灣省曾文水庫管理局與前台灣省水利局轄下之南部水資源開發工程處、阿公店水庫管理委員會等機構整合而成。