阿公店水庫管理委員會：
於42年08月阿公店溪蓄水庫興建完成。
於51年10月阿公店水庫管理委員會正式辦公。
曾文水庫管理局：
於52年09月成立曾文水庫計劃工作處。
於54年09月成立曾文水庫工程籌備處。
於55年07月成立曾文水庫工程局。
於63年01月成立曾文水庫管理局。
水利局南部水資源開發工程處：
於79年09月臺灣省水利局南部水資源開發工程處成立。
「阿公店水庫管理委員會」、「臺灣省曾文水庫管理局」與「臺灣省水利局南部水資源開發工程處」於87年01月整合為臺灣省南區水資源局。
於88年07月組織調整為經濟部水利處南區水資源局。
於91年03月改制為經濟部水利署南區水資源局。
於112年09月改制為經濟部水利署南區水資源分署。
臺灣省阿公店水庫管理委員會
為管理養護阿公店水庫，以加強防洪、灌溉、給水等業務，並求達到自給自足目的，依據臺灣省政府51年2月3日51府人丙字第5718號令頒「臺灣省阿公店水庫管理委員會設置辦法」，設立臺灣省阿公店水庫管理委員會。
臺灣省曾文水庫管理局
● 為辦理曾文水庫計畫，依據臺灣省政府52年9月30日府人丙字第67409號令頒「臺灣省水利局曾文水庫計劃工作處組織規程」，設立臺灣省水利局曾文水庫計劃工作處。
● 為籌備曾文水庫建設工程，依據臺灣省政府54年9月3日府人丙字第44685號令頒「臺灣省水利局曾文水庫工程籌備處組織規程」，設立臺灣省水利局曾文水庫工程籌備處。
● 為配合曾文水庫興建工程之需要，依據臺灣省政府55年6月23日府人丙字第49228號令頒「臺灣省曾文水庫工程局組織規程」，於55年7月1日正式成立臺灣省曾文水庫工程局。歷經6年之施工，於62年10月31日完成全部工程與蓄水運作。
● 為管理營運曾文水庫，發揮多目標水庫功能，依據臺灣省政府62年12月17日府人丙字第124937號令頒「臺灣省曾文水庫管理局組織規程」，於63年1月1日正式成立「臺灣省曾文水庫管理局」，隸屬臺灣省政府建設廳。
為辦理水資源開發工程，依據臺灣省政府79年6月21日79府人一字第44511號令頒「臺灣省水利局水資源開發工程處組織規程」，於79年9月21日成立臺灣省水利局南部水資源開發工程處，臺灣省水利局南化水庫臨時工程處同時撤銷。
臺灣省南區水資源局(87年1月23日)
為加強水資源之開發管理與運用，依據臺灣省政府86年12月18日86府人一字第174585號令頒「臺灣省各區水資源局組織規程」，於87年1月23日成立臺灣省南區水資源局，隸屬臺灣省政府水利處。
本局係由「阿公店水庫管理委員會」、「臺灣省曾文水庫管理局」與「臺灣省水利局南部水資源開發工程處」等機構整合而成。
經濟部水利處南區水資源局(88年7月1日)
茲因臺灣省政府功能業務與組織調整，本局自88年7月1日起改隸經濟部水利處，全銜為「經濟部水利處南區水資源局」，並於當日正式揭牌成立。「經濟部水利處各區水資源局暫行組織規程」業奉行政院轉考試院以88年9月15日88考台銓法三字第1807164號函備查。
經濟部水利署南區水資源局 (91年3月28日)
「經濟部水利署各區水資源局組織通則」奉總統91年1月25日華總一義字第09100015620號令公布，嗣奉行政院91年3月19日院臺經字第0910009797號令核定改制為「經濟部水利署南區水資源局」，並於91年3月28日正式揭牌成立。
經濟部水利署南區水資源分署 (112年9月26日)
配合行政院組織改造，「經濟部水利署組織法」奉行政院112年7月19日以院授人組字第11220013061號令核定，「經濟部水利署南區水資源局」改制為「經濟部水利署南區水資源分署」，並於112年9月26日正式揭牌成立。