水庫及其集水區的保育及水質一直受到政府及全體國人高度重視。本局所轄曾文水庫、牡丹水庫、阿公店水庫、高屏溪攔河堰及甲仙攔河堰等5大水域，各庫、堰因地區不同分別負有貯水、給水、發電、灌溉與觀光等任務及功能，對於南部地區水資源供應極具關鍵。
為使民眾用水得到保障，本局秉持以「水」為核心，積極推動各項水質管理與監測措施，維護好水的環境，除配合環保署定期監測外，亦每月自主進行水質監測：
✅ 曾文水庫自民國62年10月完工，民國76年1月起針對水庫的物化特性進行檢測。最初進行10項水質檢測。爾後因應人民健康與生活品質之提升，水庫水質檢驗項目與頻率則依需求進行不定期的檢討進行增減水質檢測項目。
✅ 牡丹水庫於民國84年底興建完成，民國89年4月起比照曾文水庫檢測項目進行水質分析。
✅ 阿公店水庫於民國98年1月起進行庫區內四處水質監測。
除了每月自我監測及檢測之外，本局亦以「集水區」推動保育治理計畫，並透過衛星影像變異點辨識與查勘，以及現地定期道路巡查，在發現疑似違規開發行為時，可即時通報權責機關查處，預防違規開發行為擴大，並確保執行相關水土保持與復原工作，再與集水區治理工程生態檢核並行，以減緩水庫土砂淤積速率並維持集水區水環境穩定，避免或減輕治理工程對環境生態造成之負面衝擊，更促進集水區生態環境恢復及保育。最後以環境教育推動計畫強化公民參與之效果，落實水庫集水區保育治理之精神，以提供大眾安全穩定之水源。